《神醫》講述了高麗時代的武士和現代的女醫生相遇，
共同輔助拯救天下百姓的王成就偉業的歷史劇
精彩大結局
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【分集劇情】
第1集
崔瑩送元朝公主和高麗的新王恭愍王 回高麗的路上被奇轍派人阻撓、行刺元朝公主受傷命在旦夕，公主生死攸關國家存亡。
為救回元朝公主，求得「神醫」，崔瑩借由華佗離開的「天門」天上（2012年）遇到正在作講座的柳恩琇，因為柳恩琇能治癒和元朝公主一樣的傷，所以崔瑩就將柳恩琇帶回了過去。
第2集
柳恩琇救活了元國公主，不想公主身邊的女婢竟是內奸，將消息傳了出去。
柳恩琇一直以為自己是在拍攝影視的攝影取地之中，一心想回家。女婢藉機將她偷偷放了。于達赤一員發現後一路跟蹤，並將柳恩琇逃走的信息找人傳達給了崔瑩。女婢趁無人時想殺了公主，于達赤守衛突然出現沒能成功，同時柳恩琇髮現的跟蹤的人便與他們換了衣服離去，卻被奇轍的人抓走。
崔瑩找尋柳恩琇時錯身而過，這時恭愍王和公主再次受到刺殺，崔瑩只得趕回去先救駕。女婢藉機要殺公主時公主醒了，崔瑩及時趕到救了公主。並向恭愍王請允送柳恩琇回家。
崔瑩最終救了柳恩琇帶到「天門」打開的地方送其回家，不料卻被恭愍王派人阻止，最終崔瑩執行皇命將柳恩琇留下，柳恩琇眼睜睜的看著回家的路消失。柳恩琇氣憤之中拿劍刺向崔瑩，崔瑩迎面接受受傷。
第3集
崔瑩傷重，柳恩琇執意要救其性命，將其帶回客棧為其手術。崔瑩保住性命。崔瑩承諾一定會送柳恩琇回家，要柳恩琇在回家之前呆在他的身邊。
恭愍王和元朝公主回到高麗，奇轍同天擺宴將官員請去，無臣接駕。元朝公主原來在下嫁恭愍王之前就認識恭愍王，只是恭愍王不知道。高麗站在新王這邊的群臣竟同時被毒氣毒死。
崔瑩完成最後的任務有先皇的特設准其離開，恭愍王拒絕，要崔瑩找到殺死眾臣的真兇才可離開。崔瑩便開始追查凶試探奇轍。崔瑩傷未好受到感染高燒不退又不肯接受治療。
第4集
奇轍得知崔瑩是赤月隊的人，一心想要拉攏崔瑩。恭愍王接待柳恩琇並要柳恩琇做高麗的醫仙。元朝公主發現崔瑩在發燒，命令崔瑩不要死。
元朝公主能夠講一口流利的高麗話是因為小的時候想要和恭愍王說話。柳恩琇在知道自己回了元朝後回想著曾經學過的歷史，並道出了許多之後會發生的事情。
柳恩琇是從「天上」來的神醫不但醫術了得而且能預測未來的傳言便傳開了。崔瑩擔心柳恩琇安危要帶柳恩琇到安全的地方，柳恩琇不同意，並被張斌 阻止，說是王的命令。崔瑩傷口發炎暈倒，得張斌救治。奇轍聽到醫仙的傳言要會會柳恩琇看是否真有其人。火燧燐便去一探究竟，目標柳恩琇。只是試探火燧燐和崔瑩交過手便離開了。
恭愍王以朋友的身份問得崔瑩堅持要離開的原因。崔瑩再次因病暈倒，沒有于達赤隊也沒有相抗衡的力量恭愍王只得選擇另一種方式接受接下來朝臣的參拜。柳恩琇以醫仙的身份出現，遲到的奇轍卻說柳恩琇是妖物！
第5集
柳恩琇當朝被指妖物，面對奇轍的不敬恭愍王巧妙轉移話題，奇轍又想要以崔瑩利用柳恩琇居心叵測為由定其罪行，大聲呵斥崔瑩在哪？柳恩琇開口說是自己的病人沒她同意任何人不可以帶走，奇轍面對柳恩琇的蔑視反擊，柳恩琇迎面直視並職責，如不是在王面前也不會如此讓他，要奇轍適可而止。
柳恩琇記起歷史對奇轍的記載，直言知道奇轍是如何死的。然後就溜了，出了朝堂已是一身冷汗雙腿無力，好在張斌急時出現。柳恩琇給崔瑩的傷口重新做了處理，傷勢無礙但是崔瑩遲遲不見醒來。
奇轍要再見柳恩琇深夜拜訪恭愍王行了君臣之禮，奇轍承認自己殺了謊稱是為了王，恭愍王最終沒有多做追究未直接說出自己知道的實情，讓出柳恩琇七天為限，如果奇轍不能讓柳恩琇心甘情願的為他效力，就要毫髮無傷的送回！
崔瑩沒有求生意志停止呼吸，柳恩琇不放棄將其救活，元朝公主得知恭愍王讓出柳恩琇，擔心恭愍王身邊沒有忠心可信之人對王不利，故向恭愍王詢問。奇轍派人帶走柳恩琇。崔瑩醒來後得知一切，直接去奇轍府邸救人。為了不被做為借口挑起事端，崔瑩謊稱是因為戀慕柳恩琇才過來想將人帶走。
第6集
元朝公主為救柳恩琇和崔瑩私自出宮。奇轍聲稱有病人要救，病人竟是前殿下。崔瑩帶著柳恩琇前去就醫。元朝公主被奇轍埋伏，恭愍王派于達赤營救回宮。
奇轍報恭愍王，崔瑩劫走柳恩琇是為了救治前殿下，易謀造反！恭愍王動搖。同時奇轍已安排好人行動造成崔瑩謀反的證據！
第7集
崔瑩帶著恩琇和慶昌君逃亡到某軍官的私宅裡。雖然對該軍官的行為舉止有所懷疑，但已沒有任何地方可去的崔瑩一行人決定在此暫避風頭，卻不知已再次落入奇轍的圈套中。
奇轍偷偷找到慶昌君並給他一瓶毒藥，威脅他如果肯毒死崔瑩就放過他。但是慶昌君替崔瑩喝下了那瓶毒藥。得知幼小的慶昌君是為了自己而選擇死亡的崔瑩抱著痛苦不已的慶昌君悲痛地流下眼淚，為了減少慶昌君的痛苦崔瑩抱著他結束了他的生命欲讓他安樂死。但看到這一幕的恩琇並不瞭解崔瑩內心的悲痛，她誤會了崔瑩的舉動並受到刺激而向外逃去。對於崔瑩的阻攔她冰冷地說道：「別用你的髒手碰我」，看著離去的恩琇崔瑩感到十分無奈和難過，為了保護恩琇他還是追了出去。
慌忙逃脫的恩琇不慎與奇轍相碰。為了救恩琇崔瑩試圖以內功打倒敵人，卻被同樣內功深厚的奇轍攔下。看著火修人將如火般炙熱的手放在恩琇的肩膀上，遭到官兵包圍的崔瑩被逼無奈扔下了手上的劍並跪地投降。
第8集
奇轍帶著恩琇來到自己的家裡並說出自己與恭愍王的賭約。接著奇轍便要求恩琇把心交給他，要她成為自己的人。對此，恩琇以放了崔瑩為條件，讓奇轍試試看。其實她是在這期間想方設法為崔瑩獲取更多的時間。
恭愍王通過一名于達赤守衛的傳話，瞭解到崔瑩是忠於自己的並親自前往牢中去證實。恭愍王對崔瑩坦白與奇轍打賭其實是為了保護醫仙，崔瑩逃出牢中確定恩琇目前確實是安全後，找到王，決定與王聯手並承諾「鬥爭我會來進行！」
第9集
高麗王恭愍王和王妃當著眾大臣的面脫下元朝服飾，穿上了高麗王族服飾，並向所有人說明一直以來崔瑩是聽從恭愍王的命令執行任務，不是謀反而是制止了前皇的反動，以此法洗清崔瑩被奇轍誣蔑的罪行。
奇轍要柳恩琇說出高麗的未來及元朝滅亡的原因，想改變未來獲得更大的權力，恩琇沒說。
崔尚宮提醒崔瑩說為了防止奇轍因為得不到而毀了柳恩琇，千萬別對柳恩琇動心，崔瑩否認了。崔瑩和恭愍王一行人以王妃身體有病將奇轍和柳恩琇誘入皇宮，意示恩琇配合說謊，指證奇轍手下有反動意向，撤官職並沒收了財產，解救了柳恩琇。
奇轍為了證實恩琇是不是真的從天上來的，將華佗遺物中的第二項帶入宮給恩琇看，恩琇卻在手扎上看到了自己的名字。
第10集
柳恩琇看到奇轍送來的手扎裡有自己的名字，並且手扎裡是自己的字跡，懷疑裡面的內容是類似坐標一樣的數據，是自己能回到現代的方法，但奇轍不願意把手扎給她。恩琇想以奇轍想知道的未來為條件與奇轍交換條件，奇轍讓練音功的手下用內功竊聽恩琇的話，從中得知恩琇欲以欺騙方式對付奇轍。崔瑩得知後急忙阻止柳恩琇說話，卻聽到恩琇說救下的人是將來殺崔瑩的人。
崔瑩和恭愍王計劃收為已用的大臣名單被奇轍派人偷走，並讓手下脅迫柳恩琇目睹了大臣們一個接一個被殺的情形，威脅接下來要殺她最重視的人。
第11集
天音子與火燧燐帶著恩琇將名單上的人一一殺害，崔瑩得到消息的時候天音子已經殺掉好幾個人了，他急忙前去救恩琇。火燧燐威脅恩琇說出自己想知道的事，恩琇不顧威脅離開。這時于達赤部隊的人趕來救她，恩琇目睹天音子使用音功殺害侍衛出來阻攔。崔瑩知道己方敵不過他們，便眼睜睜看著火燧燐離開。
奇轍直言希望恭愍王不要做英明的王，只要做昏庸之主就好。奇轍離開後，恭愍王急忙去王妃的宮殿確認她安然無恙並將她帶到自己的寢宮。崔瑩在與奇轍的對峙中受了傷，但他強忍著不願別人看出來。
崔瑩他知道恩琇知道未來會給她帶來很多麻煩，奇轍決不會放過她，便決定盡早送她回去天界。恩琇答應崔瑩自己會好好考慮他的建議。
奇轍招來手下最得力的殺手部隊，並準備改變對付恭愍王的策略。崔瑩為了保護恩琇便向恭愍王保證自己會帶來人才，用光明正大的方式請來人才，請恭愍王不要動恩琇的主意。恩琇換上找來的男裝，拿上行李單獨上路準備去找天門，可是她剛走了沒多遠便被聞訊而來的崔瑩抓住。
恩琇正式跟他道別，堅決不願回去，說自己不願有人為她而死，不願捲入這個世界的紛爭，崔瑩根本不可能時刻保護她。崔瑩被她說得啞口無言，只能眼睜睜看她離開，可是這一幕都落入奇轍派來監視恩琇的人眼中。
崔尚宮跟崔瑩談過以後便很不放心，她連夜趕去找到恩琇，將崔瑩往事告知恩琇，猜崔瑩一定是做好了死的準備。恩琇聽過崔尚宮的話，急忙騎馬向京城趕。
第12集
崔瑩夜晚到奇轍府上，恩琇一刻也不停地趕回京城，向奇轍府跑去。趕到的時候奇轍跟崔瑩正在打架，崔瑩不是奇轍的對手，很快便落了下風，崔瑩發現剛才所用的招式跟自己之前做的夢裡的一模一樣，兩人正在殊死搏鬥事，恩琇出現並用自己的命威脅兩人停止爭鬥，奇轍逼她說出自己的死期，恩琇顫抖著說他大概在四、五年後死，而他死後恭愍王依然是高麗王。
奇轍走後恩琇和崔瑩吵起來，罵他不珍惜生命，竟然一心求死，她說自己把所有的希望都寄托在他身上，可是崔瑩實在太讓她失望了。聽了恩琇的話崔瑩覺得自己有了活下去的意義，就是保護恩琇。恩琇為崔瑩包紮好傷口，將他被奇轍用內功凍壞的手握在掌心為他取暖，並忍不住哭了起來。崔瑩向她保證自己再也不會這麼衝動了，保證自己會好好活著。
奇轍每次使用內功都很引發身體的舊病，這次跟崔瑩的大戰讓他的病更加重了。身體上的超負荷，加上恩琇所說的關於他的死期的話，讓奇轍下定決心要盡全力改變自己的命。
崔瑩將恩琇交給王妃來保護，恭愍王問恩琇關於高麗將改名為朝鮮的事，恩琇推說朝鮮只是遠方的一個國家。崔瑩害怕恩琇再說出什麼驚人的話，急忙阻止她，恩琇被他逼急了忍不住跟他吵起來。兩人就這麼在恭愍王和王妃面前大吵一通，讓眾人看得歎為觀止。
于達赤的人圍在一起討論著恩琇與崔瑩的事，他們都看的了崔瑩與恩琇握手言和的畫面，在古代這種行為自然被認為是伴侶才能做的，大家都覺得兩人一定在一起了。崔瑩的心中已經有了恩琇，他把劍上梅姬留下的布條取下。他跟崔尚宮談過之後，覺出宮內一定有奸細，便決定引出殺手和這名奸細。
崔瑩跟崔尚宮設下的圈套，就是為了引奇轍的殺手出來。讓恩琇用自己所知道的歷史幫助恭愍王選擇可以任用的大臣，被奇轍的內應聽到並傳遞。奇轍私闖坤成殿，恭愍王大怒，奇轍不敬的說出要更換高麗之主的事。天音子和火燧燐奉命去找德興君，這個德興君是恭愍王的叔父，他聽從火燧燐的建議將那本日記給恩琇送來。
崔瑩在宮裡遇到七煞組織的刺殺，他冷靜地解決掉對手，勸剩下的殺手停止行動，可這些人還是不停地殺來，崔瑩不得不一一將他們殺死。
第13集
奇轍通過德興君將那本日記拿給恩琇，條件是恩琇要跟著德興君走，恩琇自然不同意，寧可不要日記也不跟他走。
崔瑩將七煞的人都處理掉後回到皇宮，發現恩琇正把于達赤的人召集起來給他們發自製的牙膏，恩琇發現崔瑩滿身血腥便跟著他回到住處要為他檢查身體，上次崔瑩被凍傷的手還沒有好全，張斌為他配置了新的藥物，恩琇看到崔瑩整個手背都裂開，便著手為他包紮。崔瑩告訴她自己派人駐守在天門附近，一旦天門出現就立刻送她回去。其實恩琇早已明白自己要想回到現代已經很困難了，她決心要在這裡快樂的生活，努力適應這裡的生活，跟古人們認真相處。
奇轍正在跟德興君秘密會面，他將現在的局勢分析給德興君聽，為了讓德興君幫他得到恩琇的心，答應滿足德興君的任何要求。
恭愍王的宴會馬上就要召開了，崔瑩將屬下嚴密部署一番，並去找鷹鷲幫的人支援。他正跟叔父交談時突然看到德萬跑來找他，崔瑩以為是恩琇又出了什麼事急忙跑過去，誰知恩琇只是來集市上買藥材，她準備做美容用品在古代大賺一筆。恩琇的計劃讓崔瑩不由得笑起來，幾人正在逛街時意外遇到了德興君，崔瑩一看到德興君便升起一種危機意識，他立刻要求侍衛們嚴密看護恩琇，並將她的一切言行統統上報自己和崔尚宮。
崔尚宮得知德興君與奇轍合夥急忙去見王妃，為了防止有人偷聽談話，她們便在紙上交談。崔尚宮覺得德興君此番進京肯定目的不純，他是除了恭愍王以外唯一的王族，現在他跟奇轍聯合起來，肯定是為了圖謀王位。崔尚宮沒有猜錯，奇轍就是打算廢掉恭愍王將德興君推上去，可是這位德興君卻不是那麼容易掌控的。
王妃在晚上設下酒席宴請恭愍王，她很擔心恭愍王的處境，想借元朝的勢力幫助他，可是恭愍王卻不願聽她的話。他將自己準備好的禮物拿給她看，這些禮物中有一樣便是當初兩人第一次見面時王妃所戴的面紗。原來恭愍王早就認出王妃，一直忍到現在才說出事實。他知道自己現在什麼都沒有，一直想憑自己的力量保護高麗對抗元朝，卻愛上了身為元朝公主的王妃，現在他將心裡話全部說出來，就是想跟王妃從此攜手對抗風雨。
翌日，朝堂上，崔瑩護送著一群學者們來到，看到這些人終於安然無恙地出現，恭愍王的心放了一半。接著恭愍王親自宣讀了一份聖旨，將奇轅、子雲等一批奇轍的親信大臣，並將那些學者們置於高位。可是德興君突然出現還公然挑釁恭愍王的威嚴，讓他很不高興。
恩琇晚上睡覺時做了噩夢，她不停地夢到自己這些日子以來所經歷的殺人情景，這些天來，她每晚都在噩夢中度過，崔瑩路過她的房間聽到她哭泣的聲音，不由得心疼悔恨起來。
天音子跟火燧燐作為德興君的護衛陪他去妓院，崔瑩和德萬用計引開兩人，趁機將德興君帶走。德興君被帶到一個小屋子裡，崔瑩直接向他索要醫仙的書冊，原來他是想盡快幫恩琇找到回去的路，好讓她離開這個危險的地方。德興君說那本書冊已經被奇轍拿走藏起來，崔瑩便請他幫忙拿出來。崔瑩告訴他那本書冊裡記錄的是回天界的路，如果德興君幫恩琇找到它，就是幫了恩琇的大忙，那麼便有了跟奇轍對抗的王牌，因為像奇轍這種人一旦認為德興君沒有了用處，就會棄之如敝履。若是幫助恩琇的話，還可能跟恩琇一同回去天界。崔瑩的話對德興君起了作用，他有一點動心了。
恩琇做好了美容的香皂，便把這些東西發給侍女們試用。崔瑩為了讓她多一點自保的能力便親自叫她使用短刀，兩人在聯繫中不知不覺的關係更加親密。
于達赤的人正在歇息時，一群帶刀侍衛突然闖入，將他們圍起來。接著這群人又來到崔瑩的房間一陣翻查，找到一個紅匣子，在裡面搜出一張銀票帶走了。這個箱子其實是之前一群鐵匠鋪的人送來的，故意將它拿給崔瑩，如今借此誣陷他。而這一切都是奇轍設計好的陷阱，調查崔瑩的便是新任命的丞相。這下崔瑩要是不承認受賄，那屬下的人便要被判有罪，這樣看似拙劣，實則巧妙的陷害讓崔瑩陷入進退兩難的境地。
第14集
奇轍污蔑崔瑩為了五百兩的賄賂購買劣質武器，並說如果崔瑩不認賬，那麼手下那個紅匣子的于達赤部將就要受到懲罰。崔瑩氣極了當場舉著那個匣子問眾人知否知道裡面裝的是何物，眾人紛紛說不知道，崔瑩便說要將匣子返回去，並將部下們遣出朝堂。可是新上任的丞相卻不肯放過崔瑩非要他解釋受賄一事，怒極的崔瑩直接說自己並沒有受賄，要是王不相信的話他聽憑處置，說完便頭也不回的離開。
恭愍王對於這些大臣們絲毫不顧念往日崔瑩對於他們的恩情的做法很生氣，可是這些大臣卻反過來說崔瑩一直在操縱恭愍王，相當於攝政，而且崔瑩曾經是殺手，這樣的人在恭愍王身邊是很危險的。這樣的話讓恭愍王更是生氣，可是他卻無力反駁這些人。
恩琇將日記本上的文字都抄下來，這些東西看起來像是大串的數字，可是她還沒能完整的破譯出來，她看著書頁末尾那個屬於自己的簽名陷入深深的沉思中，等德興君把日記本拿走後恩琇繼續破譯這些數字的秘密。
恩琇找到因罷官而在宮中閒坐的崔瑩，告訴他自己已經明白那本日記中數字的意義，原來這些數字是記錄的時間，很可能推算出天門打開的時間。恩琇告訴崔瑩他在天界很有名，還有一首關於他的歌，聽到那首歌詞後崔瑩很震驚。恩琇安慰他說他的清廉在天界都很有名，讓他不要為了這點小挫折而喪氣。
奇轍找到丞相大人，提出要他跟自己合作換掉國王重新整治國家，他的話讓李大人很震驚，但他似乎動心了。李大人來到典醫館見恩琇，他對於恩琇預言未來的能力很好奇，要看看她是否真的是仙人，問她元朝是否真的就要亡國。恩琇說自己不知道元朝滅亡的正確時間，李大人不再拐彎抹角，直接問他現在的王是否可信，哪個王對高麗最有利。
恩琇說天機不可洩露，除非恭愍王親自來問她。等送走這些人後，崔瑩突然出現讓她收拾行李，因為他擔心這些大臣會為了問出未來之事將恩琇抓起來拷問，崔瑩答應會親自護送她離開。離開之前，恩琇去見了王妃，告訴她她跟恭愍王是歷史上最讓人羨慕的一對，兩人無比相愛，還交代張斌多注意王妃的身體。
針對崔瑩的審問開始了，趙日新逼恭愍王去親自審問他，恭愍王當場表示自己信任崔瑩，德興君指責王這樣做不對。崔瑩卻承認了自己有罪，不願翻案。崔瑩的做法讓大家都很不理解，恭愍王感覺很對不起崔瑩，奇轍卻覺得崔瑩肯定是另有謀劃。他派天音子和火燧燐去典醫館查看情況，發現恩琇已經不在，兩人急忙追出去卻沒有找到恩琇。
此時的恩琇已經來到跟崔瑩約定好的地方，另一邊崔瑩也開始打到看守越獄，焦急的恩琇終於等來了崔瑩之後忍不住撲進他的懷裡。奇轍得知恩琇跟崔瑩逃跑的消息後氣瘋了，他立刻設下天羅地網準備抓這兩人回來。
崔瑩帶著恩琇一路躲躲藏藏避過追兵，漸漸遠離京城。他找來鷹鷲幫的人幫她保護恩琇，他們為兩人探明了逃跑路線，崔瑩請他們幫忙注意趙日新的動向，準備趁機抓住他的把柄。德興君去找趙日新下棋，他用言語挑撥趙日新，讓他為自己做事，事成之後就封他做德城府院君的位置，而他自己要成為新王。趙日新果然對他的話動心了，決定幫他做事。
恩琇為了那些數字頭疼不已，崔瑩看著她痛苦的樣子很無奈。夜晚兩人隔著門板談心，恩琇問他在自己離開之後會怎樣，說自己會很想念這裡的一切，崔瑩卻隱瞞起自己的心意。
德興君找來崔尚宮，告訴她自己在恩琇使用的紙上塗了毒，還是西域劇毒，讓她帶恩琇回來才給她解藥，此時恩琇已經毒發。
第15集
崔瑩去找德興君要解藥，德興君表示他只有兩條路，成為王或者死，要崔瑩去偷來玉璽才會給解藥。崔瑩直接到皇宮見恭愍王，把事情全部告訴了恭愍王，希望王能夠把玉璽交給德興君。恭愍王斥責崔瑩，崔瑩表示如果不給就要親自拿到。崔瑩硬闖欲奪玉璽，于達志奮力抵抗，崔瑩最終用調虎離山計偷得玉璽並逃出皇宮，用玉璽換得解藥，但被告知需要3天一次連續七次才能完全解毒（每3天向德興君拿一次解藥）。
德興君把玉璽給了奇轍，但是並沒有告訴他為什麼崔瑩會獻出玉璽的原因。奇轍開始懷疑德興君。另一方面，恭愍王悟得玉璽上寫的是元朝駙馬令，根本不是堂堂正正的王印，體會了崔瑩的苦心！
恩琇醒來說自己解開了天界大門日期之謎。奇轍欲以玉璽丟失的罪名逼迫恭愍王退位，但是被恭愍王巧妙解開了窘境。德興君和趙日新密謀起義。第三天，崔瑩向德興君要解藥，德興君要求崔瑩待一晚上，但是此時，趙日新動用了王的部隊，攻打奇轍府邸，王大怒，趙日新逼宮。
此時，奇轍也知道自己被德興君算計，決定乘機攻打皇宮。崔瑩兩難，恩琇昏迷。
第16集
崔瑩去皇宮保護王，看出德興君捨棄不了自己的姓名並威脅德興君要是不給解藥就殺了他。德興君拿出解藥趕到皇宮在大臣們面前把一切的罪孽都推倒趙日新身上並殺了趙日新。
德興君又有新陰謀。恩琇急於知道夢境是不是真的，想去找奇轍或德興君，被崔瑩阻止。德興君和奇轍假傳聖旨，內容是讓德興君任監國掌管政權。崔瑩帶恩琇找奇轍，得知華佗衣物盡數被德興君搶走，奇轍得知恩琇中毒，為了和恩琇一起去天國，他說會把日記的後半本和第三件遺物拿回來。
恭愍王一行和王妃匯合，並放出消息說恭愍王要在外處理政事。奇轍崔瑩恩琇一行去皇宮找德興君索要解藥和遺物，崔瑩逼德興君吃下了和恩琇一樣的毒藥，德興君要求和恩琇單獨去解毒。德興君斷定恩琇是假醫仙，是騙人的，並以解藥威脅恩琇和自己一起欺騙奇轍控制整個國家，恩琇暫時答應了他，要到了解藥，要求德興君拿出剩下的日記。
奇轍想得到醫仙，覺得首先一定要和德興君一起除掉崔瑩。恩琇要求自己待在醫典室，說她又自己的計劃。崔瑩去見了大臣們，得知百姓要為恭愍王做玉璽，且大臣們要求在製作玉璽直到交給恭愍王的過程中崔瑩的保護，要求第二天崔瑩隨行保護。
恩琇得到剩下日記的一半，隱約覺得這是自己的字跡，並且日記裡面出現了「他」。崔瑩為了安全起見，有一段路程決定自己一個人來守護大臣們。日記裡預言了第二天所會發生的事情，並透露只有自己才能改變崔瑩死去的結局。此時崔瑩已經踏上征程，恩琇是否可以改變命運……
第17集
恩琇得知崔瑩將要面對的危險是德興君設計的陷阱，跑去質問德興君，德興君說只要恩琇與自己結婚就可以終止這次的行動。恩琇毫不猶豫的答應。與此同時，崔瑩與準備送予王國璽的大臣們被困在藏了炸藥的房間內，然而行動卻突然終止。
恩琇回到住處，張御醫告訴恩琇崔瑩已經安全撤離。正好德興君派人送來禮服，恩琇告訴張御醫自己答應與德興君結婚。大臣們帶著國璽在崔瑩的保護下安全到達王在民間的住處。王用新的國璽下達了第一道教旨，就是恢復崔瑩的權利。
崔瑩對突然撤離的殺手很是奇怪，正在懷疑之間，聽聞恩琇要和德興君結婚的消息，十分震驚。急忙回宮找恩琇。恩琇滿心想的都是崔瑩，德興君答應給予她王妃的位置，但被訓斥。崔瑩不顧危險，闖入德興君處來找恩琇。問恩琇是不是為了救自己。並且要求恩琇和自己一起走。恩琇不答應，說自己是想要記載了崔瑩發生危險的日期的手冊後半部分。但是德興君卻背著恩琇偷偷將手冊燒燬。
崔瑩答應王幫他重返宮廷。恩琇告訴崔尚宮說自己只是口頭上答應婚約。德興君找來奇轍繼續聯手對付王，奇轍透露天界之門打開的時間會很快。崔瑩帶著于達赤在宮廷內外忙碌。
恩琇晚上偷偷跑去德興君處找手冊，被崔瑩撞見，並且稱不需要冒著危險去找，自己從未貪婪過。恩琇卻遺憾自己能為他做的事情只有這個了。崔瑩為了幫助王十分忙碌，同時奇轍和德興君也加緊對付王行動。
恩琇帶著婚書和聘禮找德興君說明要取消婚約。德興君卻提醒她要是跟崔瑩走，就是他倆的不正當行為，會受刑。德興君提前了婚期，決定在普濟寺直接舉行婚禮。同時王所在的賢居村也將要受到包圍。崔瑩趕到恩琇與德興君面前，恩琇提醒他趕快去救王。崔瑩為了阻止婚禮，當著眾人的面吻上了恩琇。
第18集
由於崔瑩的行為，婚禮暫時終止。而在宮外的王開始逃亡。奇轍的私兵扮作強盜攻擊王和王妃。于達赤為了保護王死傷嚴重。柱石也在行動中犧牲。奇轍想要帶走醫仙去天界之門，然而德興君卻不讓，提出必須先辦國喪。
德興君來找恩琇，讓恩琇救救自己，要求她逃去和崔瑩一起，但是不能被奇轍發現，要藏十天以後自己就會受到元朝的封王詔書。趁著恩琇不注意，德興君又在恩琇的手臂上下了毒。
逃跑過程中的王和王妃在無奈之下由替身拖延，二人在于達赤的保護下遇見了由崔瑩派來救援來的中郎將，並且順利逃過危險。
恩琇來到崔瑩住處，崔瑩一聽說急忙跑回。恩琇說自己是哭著求德興君，自己才被放出來的。德興君被抓，王順利回到宮廷。聽說于達赤犧牲眾多，崔瑩痛苦不已。張御醫推測恩琇是中了日本國的毒，但不會很快發作。王找到崔瑩表示讓于達赤犧牲的難過與抱歉，崔瑩告訴王，自己一直將恩琇放在第一位，讓王放了自己。
恩琇為了安慰崔瑩，學著電影裡的樣子。將韓語寫在紙上給崔瑩看，但是崔瑩卻不知紙上寫的和恩琇說的其實根本不一樣。恩琇嘴上是安慰，但寫在紙上的卻是要陪在自己身邊。崔瑩答應會保護恩琇到天界之門打開那天。
王召開會議決定要將奇轍關押在家中。崔瑩發現了恩琇手上的傷口，知道恩琇又被下了毒。責怪恩琇不告訴自己，恩琇表示是不想讓他為難。崔瑩生氣離開，恩琇從身後抱住崔瑩，問他如果自己不走，留下來可不可以。
王準備放德興君出宮，崔瑩告訴王，德興君又對醫仙下了毒。但王仍然沒有對德興君治罪。原來元朝的斷事官來到了開京，此時無法懲罰德興君。此時，卻有神秘的人出現，並且救走了德興君，還在恩琇住處放了一封神秘的信，崔瑩打開才發現是元朝人得知恩琇的事，要帶走恩琇。二人決定開始逃亡。
第19集
元朝斷事官召集高麗重臣們以威脅王，並且要求處刑恩琇。王讓崔瑩帶恩琇逃走。原來恩琇收到的信是德興君送的，目的是支開恩琇和崔瑩，讓王孤立。恩琇和崔瑩開始了逃亡，並且發現了對兩人的通緝令。逃亡過程中兩人的感情升溫。
王妃懷孕，王高興不已。元斷事官加緊對王的威脅，要求處刑恩琇。王妃受到一封斷事官的傳信。王妃要求去普濟寺祈福，然而在祈福的時候，王妃卻不見了。
崔瑩和恩琇兩人繼續逃亡，恩琇卻在意外中發現了一個塑料膠卷盒，裡面竟然是未來的自己寫給現在自己的信。
第20集
恩琇看著過去的自己留給未來自己的信，震驚同時心痛難忍。她從信中得知如果不回宮王妃就會出事，而崔瑩也會永遠愧疚自責，所以勸崔瑩趕緊回去。這時，宮內王正為找不到王妃著急萬分，他認為找不到王妃是自己的報應。而崔尚宮在王妃宮裡發現了斷事官發給王妃的信函，于達赤受到王的命令搜查斷事官的住處。
恩琇為了讓崔瑩回到宮故意對他發脾氣。崔瑩無奈只好答應她一起回去。斷事官從王宮回來，懷疑是德興君私自動用了自己的印章，而誘拐王妃出宮。並暗示他王妃娘娘必須安然無恙。王單獨和德興君談話，要求將王妃還給自己，並且願意用王位來換。
崔瑩和恩琇回到開京，並且用心理戰對付德興君。王重振信心正式面對元朝斷事官，並且否認了恩琇來自天國的事實。表示不會屈從與元朝。崔瑩找到了王妃的所在地，救走了王妃，但是卻流產了。
奇轍認為恩琇是用假話騙自己，所以同意和德興君聯合對付恩琇。崔瑩要保護恩琇，恩琇表示自己要藏才高麗最安全的地方，知道天界之門開啟。然而，崔瑩發現新加入的于達赤部隊二等兵竟然是恩琇，並且和二人同住。
第21集
恩琇成了于達赤的一員，決定和崔瑩一起共進退。被恩琇耍得團團轉的奇轍，以為恩琇的神醫身份是謊言，而終於看清了現實，並對恩琇一直以來的「欺騙」大怒。因此奇轍請德興君帶頭企圖攻擊王宮，恭愍王則準備橫掃高麗國內的親元派。
而另一方面，隨著天穴開啟日一天天的臨近，崔瑩越發想讓恩琇留在自己的身邊，崔瑩的心也越發焦慮起來。
第22集
元朝斷事官派刺客到崔瑩臥室，打碎了恩琇的解毒劑。同時將王位給了德興君。恭愍王到行省旁聽，遭到斷事官和奇轍的襲擊。崔瑩想要帶恭愍王出去，但恭愍王堅持等宮中大臣蓋印派禁軍來救他。崔瑩為了不讓更多的手下沾滿鮮血，獨自在外殺了很多襲擊的衛兵。
經過漫長討論宮中終於來了禁軍。但元朝斷事官放走了德興君。德興君告訴奇轍恩琇的確是天界來的，這讓奇轍再次想要見到恩琇。
恩琇隱晦地問崔瑩如果自己先走了他會怎麼樣，但崔瑩並未明白她的話。後來崔瑩從恭愍王、德萬和崔尚宮得知恩琇的解毒劑製作失敗，生氣地讓恩琇一定要回去，恩琇拒絕。兩人相視而哭。
第23集
恩琇為了解除體內的毒決定服用另一種劇毒。崔瑩得知恩琇的計劃後十分驚訝，大聲吼道：「要以毒攻毒？成功的概率是多少？」。
對此恩琇說道：「要聽真話嗎？完全不知道，我是第一個實驗者。但是如果什麼都不做就這樣等著的話，一旦開始發燒就都晚了」。
崔瑩拿出恩琇的日曆說道：「看著這個我一直再想剩下的時間裡我要為你做些什麼。但是如果就這樣結束的話，我就沒有任何可以為你做的了，也沒法讓你微笑。為何你會如此冷淡呢？」。恩琇安慰讓他放心。
看著高燒不退的恩琇，崔瑩突然想起了曾將阿司匹林遞給自己時恩琇說的話，便親自咬碎阿司匹林後用嘴餵給恩琇服下。
另一方面，奇轍也開始採取行動，打算帶走恩琇。
第24集（結局）
奇轍來到大殿之上，想要殺害王，于達赤們拚命抵擋，死傷慘重。崔瑩來到大殿之上，手下看出他的手仍受傷，便豁出自己性命與奇轍戰鬥，終死去。奇轍卻在此時突然離去。原來與此同時火修人和天音子來到宮中欲將恩琇帶走。崔尚宮和德萬在抵擋中殺死了火修人，恩琇卻被于達赤中的奸細所誘拐至馬車中，被良師弄暈。
奇轍將恩琇綁架走，盡快向天界入口趕去。恩琇偷偷地在飯館的柱子上用煙灰寫下了『我沒關係』的字樣，留信給崔瑩。
在奇轍等人留宿的客棧裡，崔瑩終於趕到並成功救出恩琇，看著身體虛弱的她崔瑩眼含淚珠問道：「現在都好了嗎？那麼可以待在我身邊了嗎？」。看著恩琇深情點頭的樣子崔瑩一下抱住她。兩人互相凝望著躺在床上時，崔瑩對恩琇說要帶她去時光之門向家人問候，還十分自信地說有把握戰勝奇轍，因為他已有了她。看著熟睡的恩琇，崔瑩輕輕撫摸著她的頭髮流露出無比幸福的微笑，彷彿時光只定在這一刻讓人看了也被這幸福的氣息所感染。
第二天，奇轍搶先到達時光穿梭的入口，卻無法進入天門。在路上，崔瑩和恩琇兩人遇到了奇轍。為了守護身旁的恩琇，崔瑩奮力抵抗著奇轍，卻被他的冰功所傷失去了意識。被強行帶走的恩琇獨自進入了時光隧道，而奇轍終究未能達成所願，被自己的內功反噬死在了天門入口。
回到現代的恩琇為了救受傷的崔瑩，趕忙找齊各種藥後再次穿越了時光隧道。然而恩琇到達的地方，是在她與崔瑩生活過的提前100年的高麗。在那裡她等著時光之門的再次開啟後穿越回到現代，為了見到崔瑩她毅然決然地放棄現代生活，再次回到高麗。
就這樣她經過多次的時光穿梭後，終於回到了恭愍王繼位5年後的高麗時期，並在飯館中看到了五年後的德萬和眾于達赤。從他們的對話中，恩琇知道現在已經成為大護軍的崔瑩在大樹下等她。終於，兩人重逢。在兩人相約的大樹下，兩人眼含淚珠深情相望，幸福的人生也將從此展開
【文章中圖片轉載於SBS】
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